BioBrick — это стандартизированный в соответствии с рестриктазами генетический код, используемый для разработки и сборки искусственных биологических систем с определенными свойствами. C 2008 года признается ведущим стандартом синтетической биологии. После разработки на компьютере, код, как правило, внедряют в живые клетки, например Escherichia coli, чтобы придать им новые функции.
Иерархия стандарта
Стандарт имеет трехуровневую иерархическую систему, на которой основана cинтетическая биология:
- Части: последовательности генетического кода, которые формируют функциональную единицу (например промоторы, сайты связывания рибосом (последовательности Шайна-Дальгарно или RBS), кодирующие последовательности и терминаторы ДНК;
- Устройства: набор соединённых воедино взаимодополняющих частей, обладающий заданной функцией;
- Системы: набор устройств, выполняющих высокоуровневые задачи;
Преимущества стандарта
Стандарт разработан в MIT с целью применения инженерных принципов абстракции и модульности в области программирования биологических систем и живых организмов. Преимущества стандартизированного подхода Biobrick:
- высокая скорость сборки последовательностей;
- надежность высокоуровневых систем увеличивается за счет возможности независимо тестировать и классифицировать отдельные, более низкоуровневые, части и устройства;
- потенциал большего охвата участников (ученых и специалистов) по сравнению с классическими подходами;
История BioBrick
2003
Стандарт BioBrick был описан и представлен Томом Найтом в MIT. С этого момента различные исследовательские группы начали использовать BioBrick для создания новых биологических устройств и систем.
2006
В 2006 году инженерами и учеными была основана некоммерческая организация BioBricks Foundation с целью стандартизировать биологические части в данной области науки.
2008
С начала проекта уже более 2000 частей BioBrick были выложены в открытый доступ и доступны в Реестре Стандартных биологических частей. BioBrick признается ведущим стандартом синтетической биологии
2015
В соревнованиях iGEM 2015 приняло участие 5018 участников (280 команд) из 38 стран [1]
2017
В соревнованиях iGEM 2017 приняло участие 5400 участников (310 команд).
2018
В Каталоге частей BioBrick было уже более 20000 закументированных генетических частей. Данные части доступны для свободного использования командам iGEM и академическим лабораториям [2].
Альтернативные стандарты
Первая попытка создать список стандартизированных биологических частей NOMAD была предпринята в 1996 году группой учёных под руководством Д. Ребатчука. Его команда представили стратегию клонирования для сборки коротких фрагментов ДНК. Но эта ранняя попытка не получила широкого распространения.
