Список программ для работы с филогенетическими деревьями
Подписчиков: 0, рейтинг: 0
В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.
Содержание
Сетевые ресурсы
| Название | Описание | Лицензия | Технология | Сайт |
|---|---|---|---|---|
| Archaeopteryx (ранее ATV) | Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев | Java | [2] | |
| EvolView | an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees | [3] | ||
| ETE toolkit | Окружение для визуализации дерева | Freeware | Python | [4] |
| Hypergeny | Просмотрщик гиперболических деревьев больших филогений | Java и JavaScript | [5] | |
| InfoViz Tree Tools | набор утилит, поддерживающий гиперболические, space и icicle деревья | Javascript | [6] | |
| iTOL — interactive Tree Of Life | annotate trees with various types of data and export to various graphical formats; scriptable through a batch interface | [7] | ||
| TreeVector | генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG формате | GPL | Java | [8] |
| jsPhyloSVG | библиотека с открытым исходным кодом для отображения расширяемых и настраиваемых деревьев | JavaScript | [9] | |
| JStree | библиотека для просмотра и редактирования деревьев | MIT | JavaScript и HTML5 canvas | [10] |
| OneZoom | uses IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) to display phylogenetic trees which can be zoomed in on to increase detail | MIT | [11] | |
| Phylodendron | Различные стили деревьев, ветвей и выходных форматов. | Java | [12] | |
| PhyloExplorer | a tool to facilitate assessment and management of phylogenetic tree collections. Given an input collection of rooted trees, PhyloExplorer provides facilities for obtaining statistics describing the collection, correcting invalid taxon names, extracting taxonomically relevant parts of the collection using a dedicated query language, and identifying related trees in the TreeBASE database | [13] | ||
| Phyloviewer | Интернет среда анализа филогеномного анализа базирующаяся на Bioinformatics Portal System. | проприетарная | Java и GWT | [14] |
| PhyloWidget | просмотр, редактирование и публикация филогенетических деревьев, интерфейс с базами данных | GPLv2 | Java и JavaScript | [15] |
| TRED | утилита для отображения и редактирования филогенетических деревьев. Деревья генерируются в SVG с использованием Raphael. | Javascript клиент и Python (web2py) сервер | [16] | |
| Treedraw | Отображение филогенетических деревьев | HTML5 canvas | [17] | |
| TreeViz | Просмотрщик деревьев с возможностью построения карт | MIT | Java | [18] |
| T-REX | Веб сервер для изучения, анализа и отображения деревьев (иерархический, круговой и осевой виды), обнаружения горизонтального переноса генов и отображения HGT сети | [19] |
Программы
| Название | Описание | Лицензия | Язык программирования | ОС | Сайт |
|---|---|---|---|---|---|
| BayesTrees | Программа предназначена для отображения, анализа и манипуляций примерами деревьев. | Mono | все | [20] | |
| BioNumerics | Универсальная платформа для учёта, хранения и анализа все типов биологических данных, включая деревья и сети гипотез последовательностей данных. | EULA | Windows | [21] | |
| Bio::Phylo | Коллекция Perl модулей для манипуляции и отображения филогенетических деревьев, Является частью набора BioPerl. | perl_5 | Perl | все | [22] |
| Dendroscope | Программа для просмотра больших филогенетических деревьев и сетей. | Freeware | все | [23] | |
| ETE | Утилита для отображения изображений филогенетических деревьев с возможностью экспорта в PNG, PDF и SVG форматах. | Python | все | [24] | |
| FigTree | Современный просмотрщик деревьев с возможностями раскраски и сворачивания. | Java | все | [25] | |
| Geneious | Полноценная программа ждя анализа последовательностей, филогенетикой и молекулярным клонированием с современным просмотрщиком деревьев. | коммерческая | все | [26] | |
| JEvTrace | Просмотрщик для группировки последовательностей, филогений и структур. Выполняет интерактивное отслеживание эволюции и прочий анализ. | условно-бесплатная | Java | все | [27] |
| MultiDendrograms | Приложение для расчета и построения филогенетических деревьев. | открытая | Java | все | [28] |
| NJplot | Интерактивный строитель деревьев с экспортом в PDF. | бесплатная | C | все | [29] |
| TreeDyn | Мощная програма для манипуляций с деревьями и комментирования, позволяющей включение мета-информации. | открытая | все | [30] | |
| TreeGraph 2 | Редактор деревьев с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая комбинирование различных филогенетических анализов. | GPLv3 | Java | все | [31] |
| TreeView | Классическая часто цитируемая программа для отображения деревьев. | бесплатная | все | [32] | |
| UGENE | Графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования. | GPLv2 | C++ | все | [33] |
| VectorFriends | Интегрированное программное обеспечение анализа последовательностей с возможностью просмотра филогенетических деревьев. | коммерческая | Windows | [34] |